«Звёздные Врата», таинственный артефакт, найденный на плато Гиза, и создающий энергетический тоннель между Землёй и планетой Абидос, были вновь открыты. Прошедшие через них существа захватили в плен женщину-военную и убили остальную охрану. Генералом Хаммондом было принято решение вернуть из отставки полковника Джека О’Нилла, который вынужден был признать что, вопреки отданному приказу, он не уничтожил «Врата» на другой стороне. Прибыв на Абидос, специально созданная команда SG-1 вновь встречается с Дэниэлом Джексоном, обнаруживает список множества «Врат», разбросанных по Галактике и впервые встречает брата Ра, гоа’улда Апофиса, захватившего жену Дэниэла Ша’ре и её брата Скаару.